魚類寄生蟲種類繁多，但大部分都是條件致病性。有的寄生蟲具有專一性，只能寄生在特定寄主（魚類）上，但一種魚卻能被多種寄生蟲寄生。魚類被寄生蟲寄生之后，常常引起自身食欲下降、呼吸困難、身體發炎貧血等并進而導致死亡。對于寄生蟲防治，主要是切斷傳染源，保持水質底質良好，提高魚體自身的免疫力和抵抗力，做好各階段的消毒工作等。切記，不要等到寄生蟲病發嚴重了才開始殺蟲，因為殺蟲不僅風險大而且對魚的生長繁育都有很大影響，一些殺蟲藥也容易殺死水里的部分浮游生物引起水體失衡而使水質變差，因此對于寄生蟲病要以預防為主，以養水保1健為主。

1車輪蟲
車輪蟲屬纖毛門，緣毛目，車輪蟲科。蟲體側面觀如氈帽狀，反面觀圓碟形，運動時如車輪轉動樣，隆起的一面為前面或稱為口面，相對凹入的一面為后面或稱反口面。車輪蟲用附著盤附著在魚的鰓絲或皮膚上，并來回滑動，有時離開宿主在水中自由游泳。游泳時一般用反口面向前像車輪一樣轉動，所以叫車輪蟲。車輪蟲一年四季均可檢查到，流行于4-7月，但以夏、秋為流行盛季，其適宜水溫20-28℃，常寄生魚的鰓上和鰭條上，魚苗可出現“白頭白嘴”或“跑馬”（環游不止）癥狀。生活在優良環境的健康魚體上車輪蟲即便存在也是數量很少；但在環境不良時，例如水體小、放養密度過大等，或魚體受傷及發生其他疾病，身體衰弱時，則車輪蟲往往大量繁殖，成為病害。在顯微鏡下看到少量蟲體影響不大不能盲目就殺蟲，因為少量蟲體附著在鰓上是常見的。鏡檢時4×10倍顯微鏡視野下超過10個以上即可確認發病。
預防：放苗前注意檢查，放養密度不能過大，減少魚體機械損傷，提高魚體免疫力，保持水質良好。
治療：硫酸銅和硫酸亞鐵合劑（5:2）全池潑灑，或者使用福爾馬林全池潑灑。內服：內服賽科車靜驅蟲藥，每袋拌料80斤，每日一次，連用5-7天。

2鰓霉
鰓霉菌侵入魚體鰓部從而引起魚類發病，即為鰓霉病。鰓霉病是魚的一種常見病，此病常發生在有機質含量很高水質較差的水體，常在5-10月發生，6-7月份為發病高峰，發病率可達70%-80%，死亡率可達90%上，危害嚴重。
預防：經常保持水質清新，防止水質惡化，定期全池遍灑25ppm生石灰。
治療：用水美凈全池潑灑，用水稀釋后全池均勻潑灑，每袋潑灑4-6畝/米水深，每日一次，連用2-3天，酌情調整用量。

3 小瓜蟲
小瓜蟲屬原生動物門、纖毛蟲綱、凹口科、小瓜蟲屬，主要寄生在魚類的皮膚、鰭、鰓、頭、口腔及眼等部位，形成胞囊呈白色小點狀，肉眼可見。嚴重時魚體渾身可見小白點，故稱白點病。顯微鏡下，小瓜蟲呈球形滋養體，細胞核呈馬蹄形。
預防：定期清洗網箱并消毒，日常飼喂應加強營養，提高魚體抵抗力。
治療：使用茅孢清拌喂：每瓶拌料80-100斤，每日2次，連用5-7日，酌情調整用量。潑灑：每瓶潑灑2畝/米，每日一次，連用2-3天。

4指環蟲
指環蟲屬蠕蟲類的寄生蟲，是一種常見的寄生蟲，主要靠蟲卵及幼蟲傳播。流行于春末夏初，適宜溫度為20-25℃。大量寄生時，病魚鰓絲黏液增多，鰓絲腫脹、蒼白色、貧血。病魚鰓蓋張開，呼吸困難，游動緩慢而死。主要危害鰱，鳙及草魚，市場上檢查草魚時常見。
預防：放苗前用高錳酸鉀浸泡十幾分鐘，放養密度適中，保持水質良好。
治療：使用市面上專殺指環蟲特效藥車靜，每次拌料80斤，每日一次。

5黏孢子蟲
黏孢子蟲指黏孢子綱的一大類原蟲，發現于我國淡水魚的種類已有300多種，幾乎每種魚都有寄生，可侵襲魚體內外各種組織和器官，為魚類常見的寄生蟲。黏孢子蟲在魚體寄生，繁殖和形成胞囊，導致寄生組織器官的損傷，破壞其正常機能，引起相應的癥狀，影響魚的生長發育，甚至死亡。黏孢子蟲以水蚯蚓為中間宿主才能繁殖。成熟的孢子很難殺，容易形成抗藥性。當今黏孢子蟲還沒有特效藥能夠殺的徹底。
預防：徹底清除水中水蚯蚓。
治療：外用硫酸銅敵百蟲殺，內服車靜，草本驅蟲凈，驅蟲散等。